Les cours d’eau français sont en mauvais état. En 2019, date du dernier état des lieux, seuls 43 % des cours d’eau français avaient un bon état écologique et 44 % un bon état chimique. Cette situation, qui a peu fluctué au cours des années 2010, est variable selon les territoires. Elle révèle la persistance de pressions multiples sur les milieux aquatiques, qui compromettent l’atteinte des objectifs fixés par la directive-cadre européenne sur l’eau. En quinze ans, la ressource en eau renouvelable a baissé de 14 % en France, sous l’effet combiné du changement climatique, des prélèvements excessifs et de l’évolution des usages des sols. Cette ressource, pourtant essentielle, aussi bien pour la consommation d’eau potable que pour le maintien des écosystèmes et de l’agriculture, se raréfie. L'état des cours d’eau constitue un enjeu environnemental majeur, au croisement de nombreuses politiques publiques : santé publique, biodiversité, agriculture, aménagement du territoire, etc. La richesse biologique des cours d’eau demeure fragile. Sur les 80 espèces de poissons d’eau douce recensées en France métropolitaine, 15 sont aujourd’hui menacées de disparition, soit près d’une sur cinq. Parmi elles figurent des espèces emblématiques telles que l’anguille européenne, le saumon atlantique ou encore le brochet. Face à ces constats implacables et alarmants, la commission du développement durable et de l’aménagement du territoire de l’Assemblée nationale a créé la présente mission d’information. Celle-ci a eu pour but d’examiner l’état des cours d’eau en France et dans l’Union européenne, de recenser les principales pressions qui s’exercent sur eux, d’analyser les défaillances des politiques publiques censées les protéger et de formuler des propositions opérationnelles pour préserver et restaurer les rivières et fleuves de France.
L’artificialisation des milieux demeure la première cause d’altération du fonctionnement et de la qualité des cours d’eau, devant les pollutions diffuses d’origine agricole et les pollutions ponctuelles issues d’activités industrielles, y compris les polluants dits émergents (PFAS, microplastiques) et devant les prélèvements excessifs. Ces pressions sont amplifiées par les effets du changement climatique, qui intensifie les épisodes de sécheresse ou de précipitations mais aussi réchauffe les cours d’eau, favorisant la prolifération d’espèces exotiques envahissantes et menaçant les espèces historiques de poissons. Il apparaît dès lors nécessaire de repenser et de renforcer les moyens consacrés à la protection et à la restauration des cours d’eau. La mission évalue le besoin de financement annuel pour restaurer les cours d’eau à 500 millions d’euros, ce qui reste faible par rapport aux bienfaits qu’apportent les cours d’eau. L’enjeu n’est plus seulement de préserver les milieux aquatiques, mais bien de leur redonner la capacité de résilience nécessaire pour faire face aux pressions multiples qu’ils subissent et pour répondre aux besoins essentiels des territoires. Ce financement peut notamment passer par une réforme des redevances des agences de l’eau, dont le déséquilibre actuel entraîne une hausse du coût de l’eau du robinet et donc perte de pouvoir d’achat pour les Français, le principe de pollueur-payeur étant insuffisamment mis en œuvre. Dans un contexte de finances publiques tendues et de recherche de simplification normative, les rapporteurs n’ont pas souhaité ajouter de nouvelles normes ni formuler de recommandations au coût excessif pour l’État, les collectivités territoriales ou les entreprises. Accélérer la restauration écologique des cours d’eau suppose, en premier lieu, de lever les nombreux obstacles qui freinent aujourd’hui les initiatives locales, qu’ils soient d’ordre foncier, financier, ou qu’ils tiennent à l’acceptabilité des projets et à la nécessité d’un portage politique affirmé. Cela implique la mise en place d’un cadre juridique à la fois lisible et opérationnel, ainsi que la simplification des procédures administratives. Il convient également de veiller au maintien et à la restauration de la continuité écologique des cours d’eau, condition essentielle à la reconquête de leur bon état et au bon fonctionnement des écosystèmes aquatiques.
Part des cours d’eau en mauvais état écologique en 2021 par bassin (source : L’état de l’eau en Europe en 2024)
La réussite de cette ambition passe avant tout par une sensibilisation de l’ensemble des acteurs (collectivités territoriales, agriculteurs, associations de protection de l’environnement, riverains de cours d’eau, entreprises et industriels) à l’importance de préserver et de restaurer les cours d’eau. Les rapporteurs soulignent que les réussites locales qu’ils ont pu observer lors de leurs déplacements sur le terrain ont toutes un point commun : la population avait été embarquée. La clef de la restauration des cours d’eau réside donc dans un travail de pédagogie et une amélioration de la démocratie de l’eau. Les rapporteurs recommandent donc de donner une visibilité nationale aux projets de restauration des cours d’eau et aux personnes qui s’investissent dans cette restauration. Ils recommandent aussi de couvrir l’entièreté du territoire métropolitain par des schémas d’aménagement et de gestion des eaux (Sage), documents issus d’une concertation locale fixant un cadre d’usage de l’eau à l’échelle d’une rivière. Aujourd’hui, seuls 56 % du territoire sont en effet couverts par un Sage. Au-delà d’enjeux de gouvernance, la solution pour massifier la restauration des cours d’eau passe par une réflexion approfondie sur le foncier. L’accès aux cours d’eau et aux espaces nécessaires à leur bon fonctionnement (rives, zones humides, forêts) demeure en effet un enjeu central pour permettre de redonner aux cours d’eau leur forme naturelle, notamment par le biais de « reméandrage ». La politique foncière en matière de restauration des cours d’eau doit ainsi faire l’objet d’une stratégie nationale et déclinée à l’échelle des bassins-versants, afin de favoriser la maîtrise et la gestion des espaces nécessaires au bon fonctionnement des milieux aquatiques. Afin de permettre l’acquisition du foncier nécessaire, les rapporteurs recommandent d’étendre les missions du conservatoire du littoral aux cours d’eau et aux espaces rivulaires, c’est-à-dire liés à ces cours d’eau. Ce nouveau conservatoire du littoral, des cours d’eau et des milieux aquatiques et humides (Clemah) pourrait donc protéger acquérir, dans les zones de forte pression, les terres riveraines des cours d’eau, pour les protéger de leur source – y compris en montagne – à leur estuaire. Enfin, l’encouragement et la généralisation de pratiques vertueuses constituent un levier déterminant pour garantir, de manière durable, la qualité et la résilience des cours d’eau. La transition vers des modèles agroécologiques autour des cours d’eau offre des perspectives concrètes de réduction de la pollution diffuse, préservant les écosystèmes aquatiques. Parallèlement, l’instauration d’une politique de sobriété hydrique et d’une gestion raisonnée de la ressource en eau apparaît comme une condition indispensable pour assurer un partage équitable face à sa raréfaction croissante. Comme en témoignent les nombreuses auditions et déplacements menés par les rapporteurs, la réussite de cette démarche exige une mobilisation de l’ensemble des acteurs – collectivités territoriales, agriculteurs, industriels, associations et citoyens – autour d’un objectif commun : redonner vie à nos cours d’eau et préserver durablement la ressource en eau.
Enfin, les rapporteurs ont souhaité traiter en profondeur des cours d’eau de Guyane. Cette région, qui abrite un quart du linéaire national de cours d’eau et la moitié de la biodiversité d’eau douce de France, fait face à d’immenses enjeux liés principalement à l’orpaillage – c’est-à-dire la recherche et l’exploitation de l’or – qui détruit 100 kilomètres de cours d’eau par an et en pollue près de 10 000 kilomètres. Les pratiques d’orpaillage, qu’elles soient légales ou illégales, reposent en effet sur la destruction du cours d’eau pour le faire dériver dans la mine et sur le rejet dans les cours d’eau d’immenses quantités de matières en suspension et de mercure, qui empoisonnent les poissons et les populations locales, notamment amérindiennes, provoquant une hausse très forte des cas de troubles neurologiques ou d’infertilité. Protéger les cours d’eau de l’orpaillage illégal n’est pas qu’un enjeu environnemental, il s’agit aussi d’un enjeu de souveraineté face à la prédation des richesses des sols français par des réseaux brésiliens soutenus par la Chine. Les rapporteurs tiennent à rendre hommage aux militaires engagés dans la lutte contre l’orpaillage illégal après le décès en opération d’un caporal du septième bataillon de chasseurs alpins le 2 novembre 2025. Les rapporteurs soulignent l’urgence de protéger les cours d’eau partout en France, dans l’hexagone et dans les outre-mer, et de massifier leur restauration. C’est un impératif pour la santé publique, pour la biodiversité, pour l’avenir de l’agriculture, de la production d’énergie et pour de nombreux secteurs économiques. Protéger nos cours d’eau, c’est donc avant tout protéger notre avenir.
La coexistence de multiples cartes des cours d’eau nuit à la lisibilité des dispositifs de protection des cours d’eau. En plus des limites précitées de la cartographie réglementaire, celle-ci se heurte à des cartes des cours d’eau concurrentes qui ne se superposent pas toujours exactement. En effet, une carte des cours d’eau est nécessaire à plusieurs réglementations notamment agricoles, en plus de la police de l’eau comme, par exemple :
– les zones de non traitement (ZNT), bandes à proximité des masses d’eau où l’application directe de produits phytosanitaire est interdite. Elles font entre cinq et cinquantaine mètres ;
– les bonnes conditions agricoles et environnementales (BCAE), c’est‑à‑dire les règles environnementales à respecter pour obtenir le versement des aides de la politique agricole commune (PAC), notamment le respect d’une zone tampon de cinq mètres autour des cours d’eau ;
– l’application de la directive nitrates, qui limite la pollution des cours d’eau par les nitrates d’origine agricole.
En pratique, les cours d’eau concernés par ces politiques sont cartographiés par l’agrégation, par le ministère de l’agriculture, de données fournies par l’IGN et par les DDTM. L’IGN, dans ses réponses au questionnaire, souligne que le tracé des cours d’eau retenus pour les BCAE a une origine variable dans chaque département et que ce tracé n’est pas toujours superposable à l’inventaire police de l’eau, comme le montre l’exemple de superposition des différents référentiels cartographiques.
Pour compléter
« Cours d'eau en Guyane : la biodiversité aquatique menacée par l'orpaillage et la déforestation, pointe un rapport » (France-Info).
Les cours d’eau français sont en mauvais état. Et la situation en Guyane est plus que préoccupante. L’écosystème guyanais est dégradé par les activités humaines. C’est ce que révèle le rapport d'information sur l'état des cours d'eau présenté par la commission du développement durable et de l'aménagement du territoire en novembre 2025. Les cours d’eau de la Guyane représentent ¼ du littoral national et abritent 50 % de la biodiversité d’eau douce française : notamment 500 espèces de poissons, dont 25% sont spécifiques à la Guyane. Quand l’état de l’eau se dégrade, la biodiversité va mal. Parmi les 19 propositions faites à l’échelle nationale pour pallier les problèmes liés aux cours d’eau, 5 sont consacrées spécialement à la Guyane.
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